В 1902 под руководством Ж. при механическом кабинете Московского университета была сооружена одна из первых в Европе аэродинамических труб. В 1904 под его руководством в посёлке Кучино под Москвой был создан первый в Европе аэродинамический институт. В том же году Ж. организовал воздухоплавательную секцию в обществе любителей естествознания, антропологии и этнографии. В 1910 при непосредственном участии Ж. в МВТУ была открыта аэродинамическая лаборатория. В 1910—12 Ж. прочитал в МВТУ курс лекций "Теоретические основы воздухоплавания", в котором были систематизированы теоретические работы самого Ж., его ученика С. А. Чаплыгина, а также экспериментальные исследования аэродинамических лабораторий Московского университета, МВТУ и зарубежных лабораторий. С 1913 Ж. преподавал на курсах офицеров-лётчиков при МВТУ, там же было создано авиационное расчётно-испытательное бюро, в котором под руководством Ж. разрабатывались методы аэродинамического и прочностного расчёта самолётных конструкций. Во время 1-й мировой войны 1914—18 Ж. разрабатывал теорию бомбометания, занимался вопросами баллистики артиллерийских снарядов, читал курс по баллистике, воздухоплаванию, специальным вопросам гидромеханики и работал над различными проблемами теоретической механики.
После Октябрьской революции Ж. и руководимый им коллектив учёных сразу включились в дело создания сов. авиации. В декабре 1918 Советское правительством по предложению Ж. был учрежден Центральный аэрогидродинамический институт (ЦАГИ), руководителем которого он был назначен. Основанные Ж. теоретические курсы для военных лётчиков были реорганизованы в Московский авиационных техникум, на базе которого в 1920 был создан институт инженеров Красного воздушного флота (с 1922 — Военно-воздушная инженерная академия им. Н. Е. Жуковского).
Ж. создал единую научную дисциплину — экспериментальную и теоретическую аэродинамику, развитие которой неразрывно связано с прогрессом самолётостроения. Первые исследования Ж. по теории полёта относятся к 1890. Работа "О парении птиц" (1891), в которой исследуется механизм парения с набором высоты, впервые рассматриваются возможные эволюции при парении, в том числе "мёртвая петля" (петля Нестерова), и работа "О наивыгоднейшем угле наклона аэропланов" (1897) послужили основанием для создания аэродинамического расчёта самолёта. В статьях "К теории летания" (1890), "О крылатых пропеллерах" (1898), "О полезном грузе, поднимаемом геликоптером" (1904) рассматриваются вопросы тяги винта. В работах "О падении в воздухе лёгких продолговатых тел, вращающихся около своей продольной оси" (1906) и "О присоединённых вихрях" (1907) Ж. изложил открытый им в 1904 принцип образования подъёмной силы крыла аэроплана и сформулировал теорему, позволяющую определять её величину. Теорема Ж., устанавливающая связь подъёмной силы крыла с циркуляцией, является основой аэродинамики. В цикле работ Ж. 1910—12 "О контурах поддерживающих поверхностей аэропланов" (1910), "Геометрические исследования о течении Кутта" (1911—12) и др. и в ряде работ С. А. Чаплыгина предложена гипотеза о сходе струй потока с задней кромки, давшая способ определения циркуляции и утвердившая фундаментальное значение теоремы Ж. для авиации. В этих работах развит математический аппарат для решения задач обтекания крыла, дан метод построения теоретических "профилей Жуковского". В 1912—18 Ж. опубликовал 4 статьи под общим названием "Вихревая теория гребного винта", в которых, опираясь на разработанную им теорию крыла, установил законы распределения скоростей у лопасти винта, послужившие теоретической основой для проектирования воздушных винтов.
В работах "Динамика аэропланов в элементарном изложении" (1913—16), "Аэродинамический расчёт аэропланов" (1917), "Исследование устойчивости конструкций аэропланов" (1918), "К задаче о прочности аэропланов" (1918), "Элементарная теория устойчивости аэропланов" (1920) Ж. создаёт основы аэродинамического расчёта самолёта, расчёта динамической продольной устойчивости и прочности самолётов.
Ж. является автором многочисленных оригинальных исследований в области механики твёрдого тела, астрономии, математики, гидродинамики и гидравлики, прикладной механики, теории регулирования машин и др. Для его работ характерно сочетание глубоких теоретических изысканий с инженерным подходом к решению технических задач. Он был также автором классических учебников по теоретической механике для университетов и технических вузов.
В ознаменование 50-летия научной деятельности Ж. и больших заслуг его как "отца русской авиации" в 1920 был издан декрет Совета Народных Комиссаров за подписью В. И. Ленина об учреждении премии им. Н. Е. Жуковского за лучшие труды по математике и механике, об издании трудов Ж., а также о ряде льгот для самого учёного. В связи со 100-летием со дня рождения Ж. в январе 1947 Совет Министров СССР учредил 2 ежегодные премии им. Н. Е. Жуковского, стипендии им. Н. Е. Жуковского для студентов старших курсов Московского университета, Московского авиационного института и МВТУ им. Н. Э. Баумана; в Москве и г. Жуковском Московской области сооружены памятники учёному, создан научно-мемориальный музей Ж. в Москве, реставрирован музей на родине Ж.
Соч.: Полн. собр. соч., т. 1—9, М. — Л., 1935—37; Полн. собр. соч., Лекции, в. 1— 7, М. — Л., 1938-39; Собр. соч., т. 1-7, М. — Л., 1948—50; Теоретическая механика, 2 изд., М. — Л., 1952.
Лит.: Келдыш М. В., Научное наследство Н. Е. Жуковского, "Техника воздушного флота", 1947, № 1 (226); Лейбензон Л. С., Н. Е. Жуковский, М. — Л., 1947; Голубев В. В., Н. Е. Жуковский, М., 1947; Христианович С. А., Научное наследие Н. Е. Жуковского, М., 1951; Космодемьянский А. А., Н. Е. Жуковский, М., 1969.